2024 – 2026: Zavedenie monitoringu mokradí medzinárodného výskumu v Karpatskom regióne. INTERREG VI-A NEXT Hungary Slovakia Romania Ukraine 2021-2027, Program na roky 2024 – 2026. Zodpovedný vedúci Užhorodská štátna univerzita, Ukrajina, spoluriešiteľ VÚVB UNIZA: Lenka Zábojníková, Tatiana Pitoňáková, Martin Janiga.

2023 – 2026: HUMANITA (Human-Nature Interactions and Impacts of Tourist Activities on Protected Areas). INTERREG CE (CE0100248). Hlavný partner: Žilinská univerzita, Katedra geotechniky; spolupracujúca organizácia: VÚVB UNIZA

2021 – 2022: Stanovenie ťažkých kovov (Pb a Cd) vo vnútorných orgánoch Lutra lutra z okolia Liptovskej Mary. Grantová súťaž UNIZA v zmysle výzvy č. 1/2021 a Smernice č. 180 Grantový systém Žilinskej univerzity v Žiline. Tatiana Pitoňáková.

2019 – 2023: Analýza faktorov ovplyvňujúcich odpoveď plodiny na infekciu potyvírusmi na molekulárnej a bunkovej úrovni. APVV-18-0005 (Agentúra pre výskum a vývoj). Spoluriešiteľská organizácia: VÚVB UNIZA, Daniel Mihálik a kol.

2017 – 2021: Metagenomický prístup identifikácie a charakterizácie vírusových ochorení pri vybratých druhoch liečivých rastlín. APVV-16-0026 (Agentúra pre výskum a vývoj); Daniel Mihálik a kol.

2015 – 2019: Efektívna diagnostika vírusov ohrozujúcich produkciu rajčiaka jedlého na Slovensku. APVV-14-0055 (Agentúra pre výskum a vývoj); spoluriešiteľská organizácia: VÚVB UNIZA; Daniel Mihálik a kol.

2015 – 2017: Ochrana prírody ako príležitosť pre regionálny rozvoj (CBC01012). Partnerská spolupráca so Štátnou ochranou prírody SR v rámci projektu Nórskeho finančného mechanizmu. Marián Janiga a kol.

2015 – 2017: Metódy modernej výučby v alpínskej ekológii (SK06-IV-02-003). Inštitucionálna spolupráca medzi vysokými školami: Výskumný ústav vysokohorskej biológie Žilinská univerzita v Žiline a Hogskolen a Telemark, Nórsko. Štipendijný program EHP Slovensko. Koordinátor projektu: Marián Janiga.

2015: Workshop k súčasným problémom ochrany vysokých pohorí v Nórsku a Slovenskej republike. Nórsky finančný mechanizmus. Martina Kufelová a kol.

2014: Needle net (CZ/FMP.16/0379). FMP OPPS SR-ČR (Európsky fond regionálneho rozvoja, Operačný program cezhraničnej spolupráce Slovenská republika – Česká republika 2007 - 2013), oblasť podpory: Fond mikroprojektov. Hlavný riešiteľ: Eva Klemmová Gregušková (VÚVB, Žilinská univerzita), Pavel Čupr (Recetox, Masarykova Univerzita Brno).

2012 – 2015: Joint Master’s Degree in Ecology, Specialisation Alpine Ecology. Žilnská univerzita Žilina a Telemark University College, (IJD2012/10359). Projekt Ministerstva školstva Nórskeho kráľovstva a Centra pre medzinárodnú spoluprácu pre vzdelávanie. Anette Staaland/Marián Janiga a kol.

2013 – 2017: Vegetácia alpínskeho pásma ako indikátor kontaminácie životného prostredia. APVV-0380-12 (Agentúra pre výskum a vývoj SR).¬ Marián Janiga a kol.

2013 – 2015: Spolupráca odborných pracovníkov medzinárodných výskumných inštitúcií s vedeckými pracovníkmi Výskumného ústavu vysokohorskej biológie ŽU, zameraná na zvýšenie úrovne vzdelávania a výskumu. Projekt MŠ SR pre ŠF EÚ, OPV. Marián Janiga a kol.

2012 – 2015: Dobudovanie centra alpínskeho vysokohorského výskumu v SR – Výskumného ústavu vysokohorskej biológie Žilinskej univerzity pre potreby synergickej spolupráce v sieti obdobných pracovísk v Európe. Projekt MŠ SR pre ŠF EÚ, OPVaV. Marián Janiga a kol.

2012 – 2015: Investície do prístrojovej a laboratórnej techniky pre následný vývoj a verifikáciu štandardov biotického monitoringu vplyvov celulózového priemyslu v horskej krajine, modelové územie Ružomberok. Projekt MŠ SR pre ŠF EÚ, OPVaV. Daniel Mihálik a kol.

2011 – 2015: Rozvoj ochrany prírody a chránených území v slovenských Karpatoch. Partnerská spolupráca so Štátnou ochranou prírody v rámci projektu švajčiarskeho finančného mechanizmu. Spoluriešiteľská organizácia: VÚVB UNIZA, Marián Janiga a kol.

2011 – 2013: Kvalita vody horských ekosystémov (prostredia) Kirgizska (KGZ-11/0005). Ministerstvo zahraničných vecí Nórskeho kráľovstva. Marián Janiga a kol.

2011: Revitalizácia krajiny a integrovaného manažmentu povodia v obci Slovenská Ves. Program revitalizácie krajiny a integrovaného manažmentu povodí SR 2011. Rudolf Šoltés a kol.

2009 – 2011: Letná škola vysokohorskej biológie. Projekt nórskeho finančného mechanizmu NIL-II-017-d. Martin Lukáň a kol.

2009 – 2010: Zladenie metód zoomonitoringu v alpínskych ekosystémoch Bulharska a Slovenska s použitím spoločenstiev drobných zemných cicavcov. Bilaterálny projekt SK-BG-0023-08. Výskumníci: Marián Janiga, Martina Jurčovičová a kol. (VÚVB UNIZA) / Margarita Topashka-Ancheva, Krastio Dimitrov (Institute of Zoology, Bulgar Academy of Sciences) a kol.

2009 – 2011: Biotické ukazovatele klimatických zmien nad hornou hranicou lesa. Projekt VEGA MŠ SR a SAV. Rudolf Šoltés a kol.

2008 – 2011: Výskumný ústav vysokohorskej biológie – unikátne pracovisko v Západných Karpatoch (SK 0061). Projekt Finančného mechanizmu EHP a Nórskeho finančného mechanizmu. Marián Janiga a kol.

2008: Vplyv globálneho otepľovania na cyklus ťažkých kovov z antropogénnej činnosti, akumulovaných v biote vysokých pohorí. Projekt Ministerstva dopravy a komunikácií Kirgizskej republiky. Marián Janiga a kol.

2008 – 2009: Vplyv klimatických zmien na orgánovo špecifickú akumuláciu ťažkých kovov v Crustacea a v Diatoma v jazerách alpínskeho typu, s dôrazom na jazerá Tatier. Projekt VEGA MŠ SR a SAV. Jana Júdová a kol.

2007 – 2009: Využitie hostiteľského rodu Prunella (Aves) na definovanie najvýznamnejších lokalít nákaz Yersinia enterocolitica, Haemoproteus a Leucocytozoon, v horizontálnom a vertikálnom profile Západných Karpát. Projekt VEGA MŠ SR a SAV. Marián Janiga a kol.

2006 – 2009: Pilotný študijný program „Stráž prírody“. Projekt ESF - MŠ SR. Marián Janiga a kol.

2005 – 2007: Cyklus transhraničného olova v biote alpínskeho vegetačného stupňa vysokých pohorí Slovenska a PCR – DNA charakteristika vybraných subpopulácií taxónov zaťažených vyššími hladinami olova. Projekt AV4/0020/05. Marián Janiga a kol.

2005 – 2006: Molekulárna identifikácia malofatranských medveďov z pobytových znakov (trus, chlpy). Manažment a ochrana populácie medveďa hnedého EÚ Spoločenstva 14320200004 INTERREG III A SR-CR, FRI Žilina, za VÚVB Monika Fečková.

2005 – 2006: Laboratórium molekulovej biológie na Výskumnom ústave vysokohorskej biológie. Program MŠ SR - Rozvoj unikátnych pracovísk. Marián Janiga a kol.

2003: Projekt výskumu kontaminácie prirodzenej trofickej základne kamzíka v Tatrách a výskum vplyvu kontaminácie biotopov cudzorodými látkami na tatranského kamzíka, v zmysle „Programu záchrany kamzíka vrchovského tatranského na roky 2001-2005“ na území Tatranského národného parku a národného parku Nízke Tatry. Marián Janiga.

2002 – 2004: Diagnóza fragmentácie populácií u stavovcov v chránených územiach. APVT-20-026102. Vedúci riešiteľského kolektívu: Marián Janiga a kol.

2001 – 2005: Projekt porovnania lokálnych populácií a skupín kamzíka vrchovského tatranského na území Nízkych, Západných, Belianskych Tatier a Veľkej Fatry, v rámci projektu Záchrany kamzíka vrchovského. Marián Janiga.

2001 – 2003: Molekulárna diagnostika mikroflóry tráviaceho traktu živočíchov. VEGA 2/1003/21. Hlavný riešiteľ: Vladimír Kmeť a kol., spoluriešiteľ Marián Janiga.

2000 – 2002: Mikroskopická a makroskopická analýza vzoriek trusu Canis lupus so zameraním na určenie zastúpenia Rupicapra rupicapra v potrave vlkov. Projekt záchrany tatranského kamzíka Rupicapra rupicapra tatrica, MŽP SR. Marián Janiga.

2000 – 2002: Analýza mitochondriálnej DNA u Rupicapra rupicapra tatrica a komparatívna analýza mikrosatelitných lokusov. Projekt záchrany tatranského kamzíka Rupicapra rupicapra tatrica, MŽP SR. Etore Randi/Marián Janiga.

2000 – 2001: Štúdium koevolučných vzťahov medzi parazitom a hostiteľom s využitím modelových druhov parazitov (Collyriclum faba, Philopterus emiliae, Ricimus subpallidus) a vtákov horských a alpínskych ekosystémov. Projekt č. 82 - 070 Slovensko - Českej medzivládnej vedecko-technickej spolupráce na roky 2000-2001. Český partner: Veterinárna a farmaceutická univerzita Brno: Ivan Literák, Slovenský partner: Marián Janiga.

1999 – 2001: Sezónne zmeny v schéme toku imisného olova v alpínskej biote Vysokých Tatier a ich vplyv na intenzitu kumulácie olova vo vývinových štádiách modelového druhu vertebrát - Prunella collaris. VEGA grant č. 1/6064/99. Marián Janiga.